A SEELE quer descobrir qual o verdadeiro plano do comandante Ikari. Neste clima de conspiração, o nascimento da NERV começa a ser revelado, incluindo todos os eventos ocorridos depois do Segundo Impacto: A morte de Yui Ikari, a construção do Magi, a ascensão do comandante Ikari e o desenvolvimento dos Evas a partir dos restos de Adão, o primeiro Anjo.