A história se passa na Austrália, em 1999, na pacata cidade chamada Jardine, onde o policial Jay Swan, um carismático jovem oficial chega à sua nova delegacia. Recém-chegado, Jay pode ser um novo policial local, mas ele não é novo na cidade. Nesta pequena cidade, Jay reencontrará Jack, seu pai distante, assim como a mulher que mudará sua vida para sempre, Mary. Mystery Road: Origin irá explorar como uma morte trágica, um amor épico e a realidade brutal da vida como um policial em dois mundos mudarão a sua vida para sempre.