O Sistema Kizuna é um sistema incompleto para a implementação da paz mundial que conecta pessoas através das dores. Todos que foram conectados a esse sistema são chamados de Kiznaivers. Certo dia, Sonosaki Noriko diz a seu colega de classe Agata Katsuhira que ele havia sido selecionado para ser um Kiznaiver. O Sistema Kizuna permite que Katsuhira compartilhe seus ferimentos e se conecte aos colegas de classe cujas vidas e personalidades são totalmente diferentes da dele. A Cidade de Sugomori foi construída em terreno recuperado, mas com o passar dos anos, a população da cidade está caindo. A história se passa nesta cidade, onde Katsuhira e seus amigos vivem.