A história de Boys Be gira em torno de Kyoichi Kanzaki e Nitta Chiharu, amigos do peito desde a infância. Kyoichi é mais voltado às atividades artísticas, como pintura e escultura, enquanto Nitta é uma das mais promissoras atletas da escola em que estudam. Apesar das diferenças no estilo de vida de cada um, a afinidade entre Nitta e Kyoichi aumenta a cada ano que passa... novos sentimentos começam a surgir, mas a dificuldade em aceitar o que é óbvio acaba causando muitos desencontros. Kyoichi e Nitta não estão sozinhos nesta difícil caminhada dos adolescentes rumo ao mundo adulto. Makoto Kurumizawa é um taradão completo, que adora tirar um sarro da cara dos outros, além de ser o fofoqueiro-mor da escola. Kenjo-san é o amigo fortão que completa o trio masculino: boa gente, um craque no "baseball", Kenjo é meio lerdo para captar as coisas... apesar disto, é disparado o mais racional e lógico dos três. Do lado feminino, a bela e animada Aki Mizutani faz companhia a Nitta, juntamente com Yumi, uma peça rara com um senso de humor peculiar e que usa óculos gigantescos!