Há boatos de uma nova arma construída pelos Separatistas. O Mestre Plo Koon é enviado para descobrir qual é essa arma, mas quando essa arma (um canhão de ions, que neutraliza a energia de naves, deixando-as mais vulneráveis a nave Malevolência) atinge a nave dele, ele e mais quatro clones terão que derrotar os Separatistas. Anakin Skywalker e Ahsoka Tano (sua padawan) irão resgatá-lo, e escapar da nave Malevolência, comandada por General Grievous e Conde Dooku.