Com o corpo do Arsenal e o poder das Joias do infinito em sua posse, Ultron inicia sua campanha assassina contra a humanidade, assumindo o controle das tecnologias das Indústrias HAMMER e da I.M.A.. A fim de libertar o Arsenal do controle de Ultron, Homem de Ferro ativa um Malware destruidor, a fim de desativar Ultron. Homem de Ferro descobre sua localização na base da I.M.A, usando seu detector de Ultron, o que ele não compartilha com sua equipe. Mais tarde, ele alega que ele era apenas suspeito, por isso ele não compartilhou os detalhes. Durante a briga com Ultron, Tony é capaz de injetar em Ultron o Malware destruidor com a ajuda de seus companheiros de equipe. De qualquer forma, ele destrói apenas 95% do Ultron, e ele acaba reiniciando e derrota o Homem de Ferro. Isso irrita o Capitão América, pois o Tony arriscou muitas vidas na Terra por causa dos seus sentimentos pessoais pelo Arsenal. No final, após uma discussão com Tony, o Capitão América se demite dos Vingadores.