Cidade: Tokyo-3. Ano: 2015. Como previsto há 15 anos, recomeçam os ataques dos Anjos. O jovem Shinji Ikari, 14 anos, é convocado por seu pai, comandante da organização que defende o planeta dos invasores, chamada NERV, para pilotar um superbio-mecha batizado de Eva. Shinji, ao rever o pai, com quem não se encontrava há três anos, resolve não pilotar o robô, mas muda de idéia depois de ver Rei, uma das pilotos que o substituiria, muito ferida.