Jogados cinco anos no futuro, Hiro e Ando descobrem que pessoas com habilidades extraordinárias não são tão conhecidas, depois da destruição de Nova Iorque e de milhões de mortes, mais pessoas especiais têm sido registradas, aprisionadas, caçadas, e até mesmo assassinadas como "terroristas". Enquanto o Presidente Nathan Petrelli toma seu primeiro passo ao encontro de uma "solução final", a dupla é arrastada para dentro do que pode ser a batalha final de "Heroes" e encontram um grupo de rostos novos e familiares. Se eles sobreviverem à experiência ainda poderão voltar para o presente e salvar o mundo?