Em 2039, Shu Ouma é um estudante socialmente desajeitado que vive no Japão, onde está sob a estrita regra da organização governamental chamada GHQ, após o surto do Apocalipse Virus dez anos antes. Enquanto vai ao seu ateliê de depósito, ele encontra Inori Yuzuriha, uma cantora de internet da banda Egoist, que está se recuperando de ferimentos depois de roubar o Genoma Void, uma arma genética armazenada em um frasco do GHQ, mantendo-o seguro dentro de seu robô de estimação. Funell Inori é então capturado pela divisão GHQ Anti-Bodies liderada pelo Major Guin. Para compensar seu pedido, Shu traz o Genoma do Vácuo para o chefe de Inori, Gai Tsutsugami, líder do grupo de resistência chamado Funeral Parlor (Funerador). No entanto, Guin ordena que os Anti-Corpos exterminem os moradores de Roppongi para encontrar o Genoma do Vácuo. Como Funeral Parlor e a batalha do GHQ, Shu vai resgatar Inori, protegendo-a quando uma máquina de guerra humanóide do GHQ conhecida como Endlave tenta atacá-los. O ataque quebra o frasco segurando o Genoma do Vácuo, dando a Shu o "Poder do Rei", que ele usa para extrair o Vazio de Inori, na forma de uma espada, a fim de destruir o Endlave.