Anos após todos os prisioneiros de Alcatraz misteriosamente desaparecerem, o Agente Emerson Hauser do FBI e a Detetive Rebecca Madsen são levados ao caso de Jack Sylvane, que está cometendo uma série de assassinatos. Mais tarde eles descobrem que Sylvane era de fato um dos prisioneiros na antiga prisão. Aliados ao perito na História de Alcatraz, o Doutor Soto, Hauser e Madsen correm para parar Sylvane e resolver o mistério de Alcatraz.